科研简介: 1. 蛋白质构象变化的机制研究。 蛋白质作为生命体内重要的功能单元,在执行生理功能时,其构象通常会发生变化,以适应特定的生理需求。深入探究蛋白质构象变化的机制,如折叠、去折叠、构象转换等,对于理解蛋白质如何响应外界刺激、执行生物功能,以及参与疾病发生发展等方面具有重大意义。通过使用全原子和粗粒化分子动力学模拟方法,我们能够揭示蛋白质构象转变的精细路径,这不仅有助于阐明蛋白质功能机制,还为靶向药物设计提供了重要指导。 2. 蛋白质与脂质的相互作用研究。 脂质不仅是细胞膜的重要结构组分,还在调节膜蛋白功能方面发挥着关键作用。深入理解脂质与蛋白质的相互作用机制是当前生物研究领域的一个重要课题。通过应用全原子和粗粒化分子动力学模拟方法,我们能够精确定位蛋白质和脂质的结合位点,识别参与相互作用的关键氨基酸残基,从而为解析膜蛋白与其周围环境的复杂相互作用提供了重要见解。 未来我们团队将在上述工作的基础上,进一步整合对蛋白质结构与功能的理解,结合AI驱动的分子设计、分子对接以及多尺度分子模拟等计算方法,开展广泛且深入的蛋白质功能机制研究,并希望为新药研发带来新突破。
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代表性论文: [1] Yang, S., Song, C.* Switching Gō-Martini for investigating protein conformational transitions and associated protein lipid interactions. J Chem Theory Comput 20, 2618–2629 (2024). [2] Dong, L., Yang, S., Chen, J., Wu, X., Sun, D., Song, C*., Li, L*. Structural basis of SecA-mediated protein translocation. Proc. Natl Acad. Sci. USA 120, e2208070120 (2023). |